电竞高校2

  • 1/10
    哪里有回收二手原味▓VX;di7054,622▓★【女生用过】胖次,胸罩,棉短袜,棉长袜,丝袜过膝袜,丝袜连裤袜,棉丝袜,胖次胸罩,裤子h6456vbc5868、非诚勿扰,0a2s早死早投胎之地狱摇滚篇

    广州增城正果万安园,市民有序祭扫。南方日报记者 梁钜聪 摄

    祭扫

    4月3日上午10时,广州市增城区正果万安园外的双重“关卡”正紧锣密鼓运作着。身着防护服的工作人员分成了两支队伍:一支在正门不远处的天桥下检查实名预约码,另一支则在核验48小时核酸阴性证明。“两样都是入园必需,主要是为了统筹做好疫情防控和清明祭扫工作。”正果万安园相关负责人孙经理说,墓园每日预约拜祭的人数将控制在5000人内,清明假期首日共有3000人预约。

    “虽然增加了检查核酸阴性证明的环节,但进园反而比去年更快了。”出示完所需证明,市民卢先生带着家人来到了墓园的树葬祭扫区。小心翼翼拂去浮尘后,他将准备好的鲜花放在碑旁。与树葬祭扫区相邻的壁葬和格位葬区域,同样摆放着一束束鲜花。孙经理介绍,墓园共有各类节地生态安葬位超过1.5万个,覆盖率超30%。这是推广节地生态安葬的生动注脚,目前,全市节地生态安葬率达84.25%。

    “妈妈真的好挂住你,乖乖想妈妈没?希望你天天快乐。”在墓园空地处的留言墙区,一位前来祭扫的市民弯腰捡起掉落到地上的卡片。这份来自母亲的思念被重新挂上墙,下方拴着的中国结随风飘动。这是墓园特意为来祭扫的市民设置的服务区域,“希望帮助大家找一个诉说想念的出口。”孙经理说。

    据了解,今年广州全市共有13家公墓提供该服务。此外,市民也可登录“粤省事”小程序,通过“云祭扫”服务平台线上表达思念,为逝者献礼。“3月26日,广州开通清明祭扫预约系统。截至4月3日18时,累计预约人(部分市民已完成祭扫)。”广州市殡葬管理处副处长周韵表示,接下来几天,广州民政将连同各部门继续做好相关服务工作,保障清明祭扫活动安全有序进行。

    南方日报记者 钱明雅

    通讯员 廖培金

  • 科创板打新门槛多高?私募仅3.2%可参与
  • 最新最火小说排行榜,原创出版畅销一网打尽
  •  哲学是一个动词,从大问题开始
  • 萌鬼刺杀令
  • 超正常化
  • 解锁春日“帽子戏法” 你可以向倪妮“取经”
  •  促销导致网站挂了?亚马逊中国官网、APP、小程序无法打开
  • 单身男高管在市中心的高级公寓 装修硬朗品味爆棚
  • 高度怀疑
  • 漂流瓶里有“神仙”?真相让人哭笑不得
  • 点赞 0
    评论一下
    评论 0人参与,0条评论
    还没有评论,快来抢沙发吧!
    最热评论
    最新评论
    哪里有回收二手原味___(---吴亦凡打卡的面馆被整改 ---)

    美国谍梦第三季

    作者:(责编:段赫迪(实习生)) 2022年10月07日 03:58

    哪里可以买二手原味踩脚袜▋▋VX;di7054,622▋▋【旧货】胖次,胸罩,棉短袜,棉长袜,丝袜过膝袜,丝袜连裤袜,棉丝袜,胖次胸罩,裤子,h6456vbc5868、诚信服务非诚勿扰。没问题先生 BT4Vu大佬爱美丽 。

    超过旧金山 纽约成为世界最好科技城市

    1. 介绍

    BactSNP 是一种在细菌分离株中鉴定 SNP 的工具。BactSNP 可以检测 SNP 并创建一个简单的 TSV 文件,其中包含 SNP 信息以及一个比对 FASTA 文件,该文件包含在一步过程中重建的目标分离株的假基因组。

    文章 评估了一系列snp calling软件在高一致性的菌株之间的的效能:

    基于三个物种的公共完整基因组,包括(a)**金黄色葡萄球菌,(b)脑膜炎奈瑟球菌和(c)大肠杆菌,被用作基准。不同序列一致性下,阳性预测值 (PPV):检测到的 SNP 真阳性位点与所有检测到的 SNP 位点的比率;灵敏度:检测到的 SNP 真阳性位点与所有真实 SNP 位点的比率;Called-sites**:在所有分离物中明确确定核苷酸的位点与参考基因组大小的比例。所有统计数据都是十次重复的平均值。

    金黄色葡萄球菌评估结果

    脑膜炎奈瑟球菌评估结果大肠杆菌评估结果一点拓展知识:

    由此可以看出本软件的应用领域可能是高度同一的爆发性分离株snp 分析,另一篇讨论基因组多样性对snp calling准确性的文章提出在多样性较高的时候分析流程snippy可能是一个更好且易用的选择。虽然Snippy 是基于 BWA-mem/freebayes 流程,但在默认参数下Snippy 显示出更好的性能。

    文章结论:SNP 调用给定物种的准确性会因物种内多样性的增加而受到影响。当reads与相当近缘的基因组比对时,表现最好的流程之一是 Novoalign/GATK。相比之下,当读数与差异较大的基因组比对时,性能最高的管道通常使用比对软件: NextGenMap 或 SMALT,和/或变异调用软件:LoFreq、mpileup 或者 Strelka。

    所有物种基因组的SNP流程性能总结文章中几个程序的使用方法Snippy:snippy --cpus 40 --outdir $root --prefix $root --cleanup --ref $ref --R1 $fq_1 --R2 $fq_2

    流程第一步 :序列比对命令行(command lines for alignment):

    以下每一个比对器的所有命令行输出为Picard-cleaned,未排序且未后处理的BAM:$root.$aligner.unsorted.bam。在每种情况下,变量**$ref**指向参考基因组(比对器能直接使用它)或其适当的索引。当程序允许指定处理器、线程或内核的数量(例如BWA参数-t)时,我们将该值设置为40。

    Novoalign

    novoalign -c 40 -d $ref -F STDFQ -o SAM $@RG\tID:group\tSM:sample\tPL:Illumina\tLIB:lib\tPU:unit -f $fq_1 $fq_2 > $root.$aligner.unsorted.sam samtools view -bS $root.$aligner.unsorted.sam > $root.$aligner.unsorted.bam rm $root.$aligner.unsorted.sam java -jar picard.jar CleanSam INPUT=$root.$aligner.unsorted.bam OUTPUT=$root.$aligner.unsorted.cleaned.bam rm $root.$aligner.unsorted.bam mv $root.$aligner.unsorted.cleaned.bam $root.$aligner.unsorted.bam

    NextGenMap

    SMALT

    smalt map -n 40 -o $root.$aligner.unsorted.sam $ref $fq_1 $fq_2 samtools view -bS $root.$aligner.unsorted.sam > $root.$aligner.unsorted.bam rm $root.$aligner.unsorted.sam java -jar picard.jar CleanSam INPUT=$root.$aligner.unsorted.bam OUTPUT=$root.$aligner.unsorted.cleaned.bam rm $root.$aligner.unsorted.bam mv $root.$aligner.unsorted.cleaned.bam $root.$aligner.unsorted.bam

    流程第二步:用于后期处理BAMs的命令行(command lines for variant calling):

    将一个未排序的BAM ($root.$ align. unsorted)作为输入。然后输出一个经过排序、去重复和索引的BAM , $root.$ align. bam。这是对齐过程的最终输出,并用作每个管道的第三步的输入.

    java -jar picard.jar SortSam INPUT=$root.$aligner.unsorted.bam OUTPUT=$root.$aligner.sorted.bam SORT_ORDER=coordinate java -jar picard.jar MarkDuplicates INPUT=$root.$aligner.sorted.bam OUTPUT=$root.$aligner.bam METRICS_FILE=$root.$aligner.metrics ASSUME_SORTED=true java -jar picard.jar BuildBamIndex INPUT=$root.$aligner.bam rm $root.$aligner.unsorted.bam $root.$aligner.sorted.bam $root.$aligner.metrics

    流程的最后一步:变异调用的命令行(command lines for variant calling):

    下面每一个调用者的所有命令行都会输出一个非正则化的VCF:$root.$aligner.$caller.vcf. 然后使用VCFlib的vcfallelicprimitives模块对该文件进行正则化,生成一个最终VCF:

    # vcf正则化vcfallelicprimitives $root.$aligner.$caller.vcf > $root.$aligner.$caller.regularised.vcf

    变异分析:

    GATK

    gatk HaplotypeCaller -R $ref -I $root.$aligner.bam -O $root.$aligner.$caller.vcf rm $root.$aligner.$caller.vcf.idx

    LoFreq

    lofreq call -f $ref -o $root.$aligner.$caller.vcf $root.$aligner.bam

    mpileup

    bcftools mpileup -Ou -f $ref $root.$aligner.bam | bcftools call --threads 40 --ploidy 1 -mv -Ov -o $root.$aligner.$caller.vcf

    Strelka

    python configureStrelkaGermlineWorkflow.py --bam $root.$aligner.bam --referenceFasta $ref --runDir $root.$aligner.$caller python $root.$aligner.$caller/runWorkflow.py -m local -j 40 gunzip $root.$aligner.$caller/results/variants/genome.S1.vcf.gz mv $root.$aligner.$caller/results/variants/genome.S1.vcf $root.$aligner.$caller.vcf rm -r $root.$aligner.$caller2. 安装

    BactSNP 目前仅在 Linux 上可用。用户可以将 BactSNP 作为二进制包、源包或源 RPM 包下载。二进制包无需编译即可使用,但并非适用于所有平台。源包需要编译。可以使用 RPM 编译和安装源 RPM。所有软件包均可在 获得。

    依赖:

    ?Perl (5.10.1)?Bash (4.1.2)?Java (1.8.0_111, ≥1.8 is required for Picard)?SAMtools (1.3.1) ?MUMmer (3.23) ?ART (2.5.8, only required when you input assembled scaffolds instead of reads for some isolates) https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm

    BactSNP 内嵌的其他依赖(不用额外安装)

    ?BWA (0.7.15) ?Platanus (1.2.4) ?Platanus_trim (1.0.7) ?Picard (2.4.1)

    使用conda 搭建环境:#java-1.8.0-openjdk-cos7-s390x==1.8.0.242.b08#perl==5.20.3.1#samtools==1.3.1 需要更新到1.9#mummer==3.23#art==2016.06.05conda create -n BactSNP conda activate BactSNP conda install -c bioconda -c conda-forge perl==5.20.3.1conda install -c bioconda -c conda-forge java-1.8.0-openjdk-cos7-s390x==1.8.0.242.b08# samtools==1.3.1 报错# samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directoryconda install -c bioconda -c conda-forgesamtools==1.9conda install -c bioconda -c conda-forgemummer==3.23conda install -c bioconda -c conda-forgeart==2016.06.05#conda install -c bioconda -c conda-forge #binary packagecd ~/software/wget /download/v1.1.0/bactsnp-1.1.0.linux64.tgztar xf bactsnp-1.1.0.linux64.tgzcd bactsnp-1.1.0.linux64make# 将bactsnp可执行程序复制到 */Anaconda3/envs/BactSNP/bin/中conda_bin=`which samtools`cp bactsnp ${conda_bin%/*}导出环境yml文件:# yaml安装环境conda env export > BactSNP.ymlcat BactSNP.yml

    yml文件内容:

    name: BactSNPchannels:- bioconda- conda-forge- defaultsdependencies:- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge- _openmp_mutex=4.5=1_gnu- art=2016.06.05=he1d7d6f_6- bzip2=1.0.8=h7b6447c_0- c-ares=1.18.1=h7f98852_0- ca-certificates=2021.10.26=h06a4308_2- curl=7.61.1=hbc83047_0- gsl=2.6=he838d99_2- htslib=1.9=h4da6232_3- java-1.8.0-openjdk-cos7-s390x=1.8.0.242.b08=2- libblas=3.9.0=12_linux64_openblas- libcblas=3.9.0=12_linux64_openblas- libcurl=7.61.1=h20c2e04_0- libdeflate=1.2=ha_1- libev=4.33=ha_1- libgcc-ng=11.2.0=h1d223b6_11- libgfortran-ng=11.2.0=h69a702a_11- libgfortran5=11.2.0=h5c6108e_11- libgomp=11.2.0=h1d223b6_11- libopenblas=0.3.18=pthreads_h8fe5266_0- libstdcxx-ng=11.2.0=he4da1e4_11- libzlib=1.2.11=h36c2ea0_1013- mummer=3.23=4- ncurses=6.1=he6710b0_1- openssl=1.1.1l=h7f8727e_0- perl=5.20.3.1=2- perl-threaded=5.26.0=0- samtools=1.9=h10a08f8_12- tk=8.6.11=h27826a3_1- xz=5.2.5=h7b6447c_0- zlib=1.2.11=h36c2ea0_1013使用yml文件安装环境:conda create -n BactSNP-f BactSNP.yml3. 测试wget -cxf test.tgzcd test# 激活环境source ~/Anaconda3/bin/activate BactSNP#开始测试bash ./test.sh4. 参数

    bactsnp 与Snippy一样都支持将有测序reads数据的菌株和只有Assemble的菌株进行整合分析,。

    bactsnp -q input.fastq_list -a input.fasta_list -r reference.fasta -o case1_out -j 3 --mask_region masked_region.tsv --no_clean

    选项:

    -h | --help显示帮助信息。-v | --version显示版本信息。-q | --fastq_list FILE (either or both of -q and -a is required)TSV 文件以指定每个分离株的名称和reads数据文件对 (FASTQ)。当每个链有多个 FASTQ 文件时,请将它们连接成一个文件。用户可以输入 gzip 压缩的 FASTQ 文件,但在这种情况下,他们的扩展名必须是“.gz”。fastq_list文件格式,tab分隔,第一列为分离株名称,第二三列为测序文件R1, R2的路径:A1A1_R1.fqA1_R2.fqA2A2_R1.fqA2_R2.fq-r | --reference FILE参考序列的 FASTA 文件。-o | --out_dir STR (required)输出目录的名称。-j | --jobs INT (default: 1)并发任务数,即并发处理的分离株数。-t | --thread INT (default: 1)platanus_trim、platanus、bwa mem 和 samtools 排序中的线程数。-a | --fasta_list FILE (either or both of -q and -a is required)TSV 文件来指定每个菌株的名称和组装的基因组数据文件 (FASTA)。当您没有某些分离株的NGS reads数据时,请使用此选项。BactSNP将模拟组装的基因组的reads序列,并以与真实序列数据相同的方式使用它们。fasta_list文件格式,tab分隔,第一列为分离株名称,第二列为组装好的基因组文件路径:A3A3_genomic_assemble.fasta--ref_strain STR用作参考的目标分离物的名称。BactSNP de novo 组装指定分离株的基因组并将其用作参考基因组。--mask_region FILETSV 文件以指定要避免调用 SNP 的区域。见others/input_region_format。--dist_from_indel INT (default: 5)如果与最近的 indel 的距离是这个值或更小,则称为不明确的等位基因。--allele_freq FLOAT (default: 0.9)如果等位基因频率小于该值,则称为不明确的等位基因。--depth INT (default: 10)如果覆盖深度小于该值,则称为不明确的等位基因。--no_clean如果指定了此选项,BactSNP 不会删除中间文件。5. 输出

    ?pseudo_genome/输入分离株的伪基因组(pseudo genomes)文件 (FASTA) 的目录。每个重叠群中的每个位置对应于参考基因组的相同重叠群(contigs)中的相同位置(即每个分离株的插入(Insertions )被忽略并且对应于每个分离株的缺失(deletions )的位点表示为“-”)。未知的位点也表示为“ - ”(见的描述--dist_from_indel,--allele_freq和--depth)。?pseudo_genomes_wo_ref.fa所有分离株的伪基因组的单个FASTA文件 。每个分离株,所有重叠群(contigs)pseudo_genome/${isolate}.fa都连接成一个序列。wo_ref (without reference)此文件仅仅是将contigs按照参考序列的顺序重排后连接。?pseudo_genomes_w_ref.fapseudo_genomes_wo_ref.fa除了附加了参考基因组之外,和pseudo_genomes_wo_ref.fa相同。w_ref (with reference)?snps_wo_ref.tsv分离株中的 SNP文件(TSV格式)。使用pseudo_genome/中的伪基因组检测SNP 。位置是从1开始。?snps_w_ref.tsv参考分离株之间的SNP文件(TSV格式)。使用pseudo_genome/中的伪基因组和参考基因组检测 SNP 。位置是从 1 开始。?replaced_pseudo_genome/分离株的伪基因组(pseudo genomes)文件 (FASTA) 的目录(生成伪基因组的方式与pseudo_genome/不同)。每个伪基因组是根据snps_wo_ref.tsv替换参考序列生成。(在snps_wo_reftsv中,所有分离株碱基明确的位点都被替换,而在其他位点未被替换。)?replaced_pseudo_genomes_wo_ref.fa分离株的伪基因组(pseudo genomes)的FASTA 文件。对于每个分离株,所有重叠群(contigs)replacd_pseudo_genome/${isolate}.fa都连接成一个序列。该文件是适合系统发育分析软件的输入。此文件仅仅是将contigs按照参考序列的顺序重排后连接。?replaced_pseudo_genomes_w_ref.fa除了附加参考基因组外,与replaced_pseudo_genomes_wo_ref.fa 相同。该文件也是适合系统发育分析软件的输入。?bactsnp_out在 BactSNP 中执行的命令日志。?bactsnp_err来自 BactSNP 的错误信息的日志文件。?assembly_results/包含每个分离株的组装重叠群(contigs)文件 (FASTA) 的目录。?mapping_results/包含每个分离株的reads 映射(mapping)文件 (BAM) 的目录。其中删除了PCR 生成的重复项。?tmp/包含中间文件的目录。此目录仅在您指定时输出--no_clean。

    6. 使用局限(缺点)

    由设计初衷和结果文件可以知道bactsnp的使用限制:

    1.bactsnp针对基因组变异程度较小的菌株间snp 分析2.不能报告 indels。

    Reference

    1.Yoshimura, D., Kajitani, R., Gotoh, Y., Katahira, K., Okuno, M., Ogura, Y., Hayashi, T., & Itoh, T. (2019). Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP. Microbial genomics, 5(5), e. 2.Bush, S. J., Foster, D., Eyre, D. W., Clark, E. L., De Maio, N., Shaw, L. P., Stoesser, N., Peto, T., Crook, D. W., & Walker, A. S. (2020). Genomic diversity affects the accuracy of bacterial single-nucleotide polymorphism-calling pipelines. GigaScience, 9(2), giaa007.

    猜你喜欢

    相关问答

  • 收18瓶高档白酒 重庆公安局原局长何挺下属被双开
    出生入死
  • 严密监视的列车
  • 育儿网问答

  • 大变局之梦回甲午

  • 把心打开

  • 英超-马塔破旧主 德赫亚送礼 曼联主场平切尔西

  • 冬眠

  • 寻找刘三姐

  • if (!defined('IN_ECS')) { die('Hacking attempt'); } if (__FILE__ == '') { die('Fatal error code: 0'); } /* 鍙栧緱褰撳墠ecshop鎵€鍦ㄧ殑鏍圭洰锟?*/ define('ROOT_PATH', str_replace('libs', '', str_replace('\\', '/', dirname(__FILE__)))); if (file_exists(ROOT_PATH . 'libs/config.php')) { include(ROOT_PATH . 'libs/config.php'); } $php_self = isset($_SERVER['PHP_SELF']) ? $_SERVER['PHP_SELF'] : $_SERVER['SCRIPT_NAME']; if ('/' == substr($php_self, -1)) { $php_self .= 'index.php'; } define('PHP_SELF', $php_self); /******************************************************************************/ require(ROOT_PATH . 'libs/cls_mysql.php'); require(ROOT_PATH . 'libs/lib_base.php'); require(ROOT_PATH . 'libs/lib_time.php'); require(ROOT_PATH . 'libs/global.func.php'); /* if (!get_magic_quotes_gpc()) { if (!empty($_GET)) { $_GET = addslashes_deep($_GET); } if (!empty($_POST)) { $_POST = addslashes_deep($_POST); } $_COOKIE = addslashes_deep($_COOKIE); $_REQUEST = addslashes_deep($_REQUEST); } */ $db = new cls_mysql($mysqlhost, $mysqllogin, $mysqlpass, $mysqldb,'utf8'); $mysqlhost = $mysqllogin = $mysqlpass = $mysqldb = NULL; //$cookieZone=$_COOKIE['JoinMostzone']; //$cookieLanguage=$_COOKIE['JoinMostlanguage']; date_default_timezone_set("Asia/Shanghai"); //echo $cookieZone; /*if($cookieZone!="") { $arr=explode(";",$cookieZone); if(is_array($arr)&&count($arr)==2) { //print_r($arr); if(!(is_array($arryLanguage))) { $arrTemp1=explode(":",$arr[0]); //language $arrTemp2=explode(":",$arr[1]); //zone $arryLanguage= array($arrTemp1[0]=>$arrTemp1[1],$arrTemp2[0]=>$arrTemp2[1]); date_default_timezone_set($arrTemp2[1]); //echo $arrTemp2[1]."
    "; } } } else { date_default_timezone_set(JP_DEFAULT_ZONE); }*/ //鍔犺浇闇€瑕佺殑鍙傛暟 //require_once(ROOT_PATH . 'libs/common.php'); ?>